加强纪检系统内的垂直领导。双重领导体制，即党的地方各级纪律检查委员会和基层纪律检查委员会在同级党的委员会和上级纪律检查委员会双重领导下进行工作，是党的十六大通过的《党章》的重要原则和规定。《条例》在坚持这一重要原则和规定的同时，又在第八条中作出具体规定，即党的地方和部门纪委、党组纪检组可以直接向上级纪委报告本地区、本系统、本单位发生的重大问题。这就使纪检系统在遇到“重大问题”时可以不再经过同级党委，直接向中央纪委报告，明显提升了纪检系统的监督权力。
监督制度的设计有新的突破。例如，对巡视组的巡视程序作出了明确规定：巡视组可以根据巡视工作需要列席所巡视地方党组织的有关会议，查阅有关文件、资料，召开座谈会，与有关人员谈话，了解和研究群众来信来访中反映的有关领导干部的重要问题。这就为巡视组及时了解“下级党组织领导班子及其成员”的真实情况提供了保障。再如，《条例》首次明确规定党的各级代表大会代表也是监督主体，从而使代表大会作为党内最高权力机关的监督作用得到体现，也为一些地方正在试点的党代表常任制的普遍实施创造了条件。另外，有关“党的各级委员会、纪律检查委员会在同级党的代表大会闭会期间，根据需要将有关决策、重要情况向本次党的代表大会代表通报”的规定，也使党的代表大会发挥监督作用有了信息保证。
首次就监督保障作出制度性规定。监督保障不足，一直是监督者监督风险大，有心理顾虑，不敢行使有关法律法规包括宪法赋予他们的监督权的重要原因。另一方面，监督保障不足，监督者不敢行使监督权，就意味着监督信息缺乏，监督机构的作用也因此被极大地削弱。胡锦涛同志在中央纪委三次全会上的重要讲话中，特别讲到“发现机制”上存在问题的严重性。《条例》就监督保障作出制度性规定，将有效地解决监督保障不足的问题。